６月１２日、天皇杯２回戦が各地で行われた。負ければ終わりの一発勝負の大会形式とあって、この日も各地で波乱が巻き起こった。
この日開催された試合は３２ある。その中で、J１クラブが敗退した試合は３つあった。一つは、名古屋グランパスがJAPANサッカーカレッジ（新潟県代表）に敗れたもの。J１クラブが本拠地である豊田スタジアムで挑んだ試合で、JAPANサッカーカレッジが０－１で勝利。カテゴリーを覆して９０分勝ちを収めている。
ジュビロ磐田も、テゲバジャーロ宮崎（宮崎県代表）に９０分で敗れた。後半１６分に先制したが、同３２分に同点に。そして、後半アディショナルタイムに逆転弾を浴びたのだ。
また、J１首位を走る町田ゼルビアは、筑波大学（茨城県代表）に敗れている。前半２２分に町田が先制したものの、後半アディショナルタイムに筑波大学が同点に。そのまま延長後半までを戦い抜き、最後はPK戦に。これを４－２で制したのは筑波大学だった。
他に、J１勢でPK戦まで及んだのは、２チームある。一つはアルビレックス新潟で、ギラヴァンツ北九州に辛勝。同じく横浜Ｆ・マリノスもFC岐阜（岐阜県代表）とPK戦を戦い抜いて勝利している。
